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No entanto, a carne artificialmente vermelha e sempre disponível do salmão nos supermercados de luxo do mundo ocidental não revela a destruição que essa indústria causa nas regiões onde o peixe é produzido. Crescendo de maneira muito rápida, a criação de salmão é responsável hoje por cerca de 30% de toda a proteína de peixe consumida no mundo hoje. Mas é responsável sozinha pela destruição de inúmeros ecossistemas e comunidades pesqueiras que dependiam deles, em alguns dos mais vulneráveis ambientes marinhos do mundo.
As necessidades alimentares de espécies carnívoras de peixes como salmão e atum colocam em cheque o mito de que a fazenda de peixes é uma solução sustentável para o excesso de pesca. Para alimentar um quilo de salmão é preciso pescar até cinco quilos de peixes oleosos, como arenque, sardinha e cavala, que são transformados em comida de peixe. Tais peixes são literalmente aspirados do oceano, desequilibrando o ecossistema marinho.
Assim como em todas as formas de cultivo intenso de seres vivos, a alta concentração de salmões em cada gaiola também encoraja o aparecimento de doenças. É comum que peixes criados recebam doses regulares de antibióticos em suas rações para evitar doenças. Nos últimos tempos, tal prática levou ao aparecimento de uma bactéria resistente a antibióticos nos sedimentos das gaiolas. Essa bactéria pode por em risco tanto os consumidores humanos como o ecossistema no qual as fazendas estão inseridas. As gaiolas são normalmente colocadas em águas de corredeiras nos estuários, assim as fezes tóxicas, restos de comida, parasitas, peixes mortos e resíduos químicos e de antibióticos podem ser distribuídos por todo o ecossistema do estuário.
